對每個工程師或設計師而言，選用清淨室的空調系統大概是最複雜的問題之一，因為清淨室之空調條件要比平常的空調區間來的複雜且較嚴格，人都用於醫院、藥品制造、精密電子零件制造場等。選用正確的設備是設計者應盡的義務。
(一)就政府法令而言各個國家政府對清淨式的設計條件要求不同化學濾網，應注意設計時政府之時令。設計清淨室之AHU應府合FDA法規或EPA排放空氣法則。IAQ已漸漸被重視，設計時應注意IAQ之法規。視使用場合而定，過濾方法又可分成機械過濾法與化學過濾法。初級過濾，中級過濾，高效過濾與無菌的環境以機械過濾法即能達成。為達到排氣之環境要求化學洗滌器(scrubber)，焚化爐或更多的機械及化學過濾設備必需被應用。活性碳或高錳酸鹽能有效達到化學過濾的要求。
(二)就成本而言在一些外表特殊的建築物中，那些增加的設計和設備使用的費用在長期的利益中須作正確的判斷。在一些特別的應用上，通常都習慣設計兩至三次的過濾以達到所要求的狀態。傳統的清淨室若遇上要求較為嚴格的部份時，設計必須有許多額外加價的部份。清淨空氣過濾網室應盡量避免停機的現象，在建造的成本裏必須注意耐久性及可*度。在風門調整上，設計者設計時，對溫度及濕度的要求不同，就像是在設計人們的居住環境一般。在居住環境中，停機期和溫濕度上的要求較放置設備上來得高。所以質量上及所提供的服務成果是不能忽視的。在特殊的清淨室傳送或接收的設備，在錯誤修改應用上費用是比較昂貴的，且若不能與設計圖上一樣，可能會無法執行。在設計特殊的清淨室時，建築的成本中包括運轉成本，而運轉成本又包括須能持續運轉的馬達成本及修護成本。成本的歸納有裝置費，持續運轉費，維修費。計算運轉成本必須考慮到能量的消耗及效率的高低。就高效率或新機台啟動前，會先引進外氣，這樣對旋轉的原動力、交流板、排氣的管路和空氣回流混合系統中，長期使用可保持較高的效率。在操作上和持續運轉費用上必須考慮是否提高整個的設備費用。
(三)就工作參數設定而言特有的溫度、濕度噪音、振動及運作的環境要求下，大部份將影響到設備的選用。就某些實例而言，溫濕度的設定點在可接受的范圍內必須要維持在一個長時期或較完整的環境及過程。清淨室的加熱力法可用熱水、水蒸氣瓦斯和電能，可用冰水，乙醇或冷媒冷卻。使用水蒸氣、注射器、噴霧器及滲透的方法可以加濕。當評估加濕的來源時，特別要注意的是加濕過程和加濕的方法是否保證清潔。典型的清淨室通風管理裝置使用一個有吸收力或吸附力的物質去除大氣中的濕氣或使用低溫乙醇螺管系統去濕。溫濕度設定後，就必須考慮空氣流量參數是否滿足所需。典型的清淨室必須維持在大氣常壓下。因此房內之壓力及體積之值必須適當予以控制。風扇的噪音與震動必須被考慮上去。適當的裝配器材及馬達轉速可避免不必要的噪音和振動。風扇結構可使用皮帶驅動或直接驅動。
風速控制及可變頻率控制可以依體積需要來決定噪音及振動的限度。最普通的減振方法為裝置彈簧基座、固定基座及將空調箱遠離。常用的聲音衰減器有可動式地板、緩沖機和風扇彎曲度及伸縮度控制。聲音衰減器隔離風扇和設計成薄的特性，可降低幾度音階結合。除了高效率過濾網粒子的控制之外，特別要考慮的有(a)帶細菌的操作過程，(b)腐蝕物或有毒的化學物品，(c)揮發性或易爆發的藥劑，(d)還有室內及排氣的空氣質量，(e)安全，(f)設備壽命和保養能力等。
(四)就建築考慮方面空間的使用率會影響AHU的實際大小。保養門和通路儀表板的位置必須謹慎地決定，特別是位於小空間的設備。應防止表面凝結，除了涉及濕氣作用和凝結在設備的外部之外，濕氣對於空氣傳遞設備內部構成要素也有不利的影響，混氣對內部構成也有不利影響，將使壽命縮短，成本提高。濕氣作用將會散布弊病和汙染物，便得效率低的令人害怕。減低建築物的腐蝕物質和鋁、不鏽鋼或塗上一層合金，可以使用上列物質使清淨室壽命增加。設計設備空間時，應保留適當的通路，以備打掃或維修用。對於銅制的、不鏽鋼制和鋁制的盤管，應注意那種場合適用那些盤管。
(五)就管理合成物的規格方法詳述一C/R的AHU是一個極大的工作，並完全增加探討和了解這加工方法能夠提供其范圍於C/R環境，可使用的操作上和地理性的參數運用上也必須被估量。有專業和有經驗的AHU廠商能夠協助使用者在使用上的複雜細節以使機器不會過量設計，此項重點在C/R設計階段即應詳加注意。其要求是否容易對材料的選擇而言天花板中的濾網有許多種，其最怕的就是粒子泄漏。
